Il 1° gennaio 2007, tramite la fusione per incorporazione dell'istituto Sanpaolo IMI nella milanese Banca Intesa e il suo contestuale cambio di denominazione, nasce Intesa Sanpaolo Spa.
I primi passi verso il processo di integrazione iniziano il 26 agosto 2006 quando i Consigli di Amministrazione delle due banche approvano le linee guida del progetto di fusione, ratificato poi il 12 ottobre e convalidato dalle rispettive Assemblee Straordinarie il 1° dicembre dello stesso anno.
La nuova società cede al Crédit Agricole S.A., già azionista di Intesa Sanpaolo, il controllo delle banche retail Cariparma e FriulAdria, a cui nel 2011 si aggiunge anche Cassa di Risparmio della Spezia (CARISPE).
Caratterizzata da una presenza capillare su tutto il territorio nazionale, per poter servire al meglio le diverse zone del paese, Intesa Sanpaolo si dota di una particolare organizzazione sia a livello di Gruppo, sia di Banca dei Territori.
Nell'ambito di una strategia di riordino dei marchi finalizzata al completamento del modello organizzativo della Banca dei Territori con la volontà di procedere ad una un'univocità di brand a livello territoriale e alla semplificazione dei presidi operativi, nel corso del 2012 ha inizio un intenso periodo di riorganizzazione territoriale che vede la realizzazione di numerose fusioni: nel novembre dello stesso anno sono le banche umbre ad essere riorganizzate con la fusione della Cassa di Risparmio di Terni e Narni, della Cassa di Risparmio Città di Castello e della Cassa di Risparmio di Foligno nella Cassa di Risparmio di Spoleto, rinominata poi " Casse di Risparmio dell'Umbria".
Nel 2013 dalla fusione per incorporazione della Banca dell'Adriatico nella Cassa di Risparmio di Ascoli Piceno, nasce la nuova "Banca dell'Adriatico", con sede sociale ad Ascoli Piceno che verrà incorporata in Intesa Sanpaolo tre anni dopo.
Nel 2014 sono la Cassa di Risparmio di Venezia e la Banca di Credito Sardo ad essere incorporate in Intesa Sanpaolo, seguite dalla Banca di Trento e Bolzano, dalla Banca Monte Parma, dalla Cassa di Risparmio della Provincia di Viterbo, Cassa di Risparmio di Rieti e Cassa di Risparmio di Civitavecchia l'anno successivo.
Il 2016 Banca dell'Adriatico si fonde per incorporazione in Intesa Sanpaolo, seguita dalle Casse di Risparmio dell'Umbria e nello stesso anno, grazie alla rilevazione di tutte le quote azionarie di Banca ITB, nasce Banca 5.
Dopo l'acquisizione delle banche venete Veneto Banca e Banca Popolare di Vicenza nel 2017, nel 2018 Intesa Sanpaolo incorpora per fusione Banca Nuova S.p.A., ex controllata di Banca Popolare di Vicenza, Cassa di Risparmio del Veneto S.p.A. e Cassa di Risparmio del Friuli-Venezia Giulia S.p.A., Cassa dei Risparmi di Forlì e della Romagna S.p.A. e il Banco di Napoli.
Il biennio 2019-2020 vede al conclusione del processo di incorporazione delle banche del Gruppo con la fusione di Banca CR Firenze S.p.A., la Cassa di Risparmio in Bologna S.p.A., la Cassa di Risparmio di Pistoia e della Lucchesia S.p.A., Banca Apulia S.p.A., Banca Prossima S.p.A e Banca IMI.
Il 12 aprile 2021 Intesa Sanpaolo amplia il proprio Gruppo fondendo per incorporazione UBI Banca.