Il Mediocredito del Sud venne costituito sotto forma di società per azioni il 30 dicembre 1994 dalla fusione dei Mediocrediti della Puglia, della Basilicata e della Calabria. Già appartenente al Gruppo Intesa (Angelo Caloia, alla guida di Mediocredito Lombardo, presiedeva il Consiglio di amministrazione), il 12 ottobre 1999 venne stipulato l'atto di fusione per incorporazione nel Mediocredito Lombardo. L'operazione consentì all'Istituto lombardo di ampliare la propria presenza nel Meridione, attraverso l'acquisizione delle nuove succursali di Bari, Catanzaro, Potenza e Salerno.