La Banca Popolare di Bergamo-Credito Varesino ebbe origine dalla fusione per incorporazione del già controllato Credito Varesino nella Banca Popolare di Bergamo il 23 luglio 1992 (con effetto dal 1° agosto). Nello stesso anno divenne la prima banca popolare ammessa alla quotazione alla Borsa Valori di Milano. Nel 1993 estese la propria operatività internazionale con l'acquisizione della banca svizzera Banque de Dépots et de Gestion SA; negli anni successivi consolidò la presenza all'estero con l'apertura sia di Uffici di Rappresentanza - a Singapore (1997) e a San Paolo in Brasile (1999) -, sia di filiali - a Lione e a Monaco di Baviera (2002)-, che di società finanziarie - come la International Finance Plc a Dublino (1999) nella quale furono concentrate le attività di provvista e di investimento sui mercati internazionali. Nel 1996 furono avviate una serie di operazioni volte all'espansione dell'Istituto nel Centro-Sud del paese attraverso l'acquisizione del controllo della Banca Popolare di Ancona (protocollo d'intesa firmato il 3 novembre 1995) e con essa della Banca Popolare di Todi, della Banca di Credito Cooperativo di San Giorgio La Molara, della Banca Popolare di Napoli e della Cassa di Risparmio di Fano; i rapporti tra l'Istituto lombardo e quello marchigiano si rivelarono nel tempo difficoltosi, con procedimenti arbitrali e vertenze giudiziali che si chiusero nel 2005. Ancora nel 1996, la Banca Popolare di Bergamo-Credito Varesino acquisì il 50,15% della Banca Brignone per poi fonderla per incorporazione il 3 giugno 2002. Con queste operazioni e l'apertura di nuovi sportelli nelle aree di tradizionale presenza, la rete territoriale della Banca contò 583 sportelli sparsi in 11 regioni all'inizio degli anni 2000. Nel contempo potenziò il proprio impegno nella finanza di impresa con l'attivazione di nuovi strumenti e servizi, la promozione di iniziative a favore dell'imprenditoria e, infine, l'acquisizione del controllo di Centrobanca nell'agosto 2000 (al 66,26% poi incrementato al 91,73% nel 2001) che diventò la banca di investimenti di riferimento del Gruppo bancario. Furono inoltre estese le attività in altri comparti. Nel private banking la Banca costituì una rete di promotori finanziari, la BPM SIM SpA, che operò in stretta collaborazione con le filiali; nell'assicurativo, acquisì le già controllate società Mare Assicurazioni e Mare Vita nel 2000; nel risparmio gestito, oltre allo sviluppo di nuovi strumenti, firmò nel luglio 2001 una joint venture con una delle principali istituzioni finanziarie globali statunitensi, la Prudentia Insurance Company of America - Prumerica. Infine, dal 1997 promosse varie iniziative di attività bancaria elettronica, dalla banca telefonica ai servizi di trading online fino alla costituzione della banca online B@nca 24-7 nel 2000 (poi orientata alla vendita di prodotti bancari standardizzati nel 2002). Il 24 giugno 2003 la Banca Popolare di Bergamo-Credito Varesino sottoscrisse l'atto di fusione con la Banca Popolare Commercio e Industria e la Banca Popolare di Luino e Varese dando origine a  Banche Popolari Unite (operante come BPU Banca).