La Banca Lombarda ebbe origine dalla fusione per incorporazione della Banca San Paolo di Brescia nel Credito Agrario Bresciano (CAB), deliberata dalle Assemblee delle due banche, rispettivamente, il 13 e il 14 novembre 1998 e stipulata con atto del 22 dicembre 1998 (con effetto il 1° gennaio 1999), come da progetto di fusione redatto il 23 settembre 1998 e autorizzato dalla Banca d'Italia il 6 ottobre 1998. Nelle intenzioni delle banche costituenti, l'operazione avrebbe consentito «di raccogliere, in un'unica iniziativa e in rafforzata autonomia e indipendenza, le positive esperienze locali nel settore creditizio e finanziario nonché di garantire la continuità dei valori economici, morali e civili caratterizzanti le tradizioni imprenditoriali e sociali bresciane» e nel contempo di «generare, a costo zero, un significativo incremento di valore anche per gli azionisti delle due società, in virtù dello stesso raddoppio delle quote di mercato in provincia di Brescia, oltre che per gli ulteriori effetti di economie e politiche gestionali». A livello organizzativo fu adottato un modello di tipo federale con al vertice la società holding capogruppo, la Banca Lombarda - avente funzioni di indirizzo, coordinamento e controllo - e con le banche federate aventi una mission prevalentemente commerciale e alcune autonomie operative finalizzate a preservare e valorizzare il legame diretto con il territorio. A rafforzare il rapporto con il territorio fu stabilita, per statuto, la destinazione di una parte degli utili annuali (entro il 6%) a favore di iniziative sociali, scientifiche e culturali per il tramite di assegnazioni paritarie alle Fondazioni afferenti alle due banche costituenti. Per l'attuazione del modello organizzativo, l'attività bancaria della Banca San Paolo e del CAB fu da subito conferita al Banco di Brescia San Paolo CAB (in forma abbreviata Banco di Brescia), mentre gli sportelli dei due Istituti nell'area ligure (con l'esclusione di quello di Genova) furono aggregati alla controllata Banca di Genova e San Giorgio. Più tardi, nel luglio 2000, il Banco di Brescia conferì alla Banca di Valle Camonica undici sportelli presenti nella Valle; a fronte di tale conferimento fu riservato al Banco di Brescia un aumento di capitale della Banca di Valle Camonica, per effetto del quale, la quota di partecipazione nella Banca camuna risultò pari al 8,72% per il Banco di Brescia e al 74,24% per la Banca Lombarda. Parallelamente agli interventi di razionalizzazione in campo commerciale, a livello organizzativo furono introdotti dei cambiamenti, con la progressiva estensione del modello distributivo divisionalizzato (tra retail e corporate) a livello di Gruppo, mentre nell'ambito dell'attività creditizia specializzata si procedette a razionalizzazioni e acquisizioni di società prodotto nel parabancario e nell'asset management. Tra il 1999 e il 2000 la Banca Lombarda effettuò alcune acquisizioni con l'intento di rafforzare la propria posizione di mercato nel nord-ovest d'Italia. Nell'aprile 1999 rilevò il 60% della Cassa di Risparmio di Tortona dalla Fondazione omonima. Nello stesso mese partecipò, in qualità di partner bancario esclusivo, alla costituzione del Banco Emiliano Romagnolo, Istituto di credito con sede in Bologna specializzato nella gestione di patrimoni mobiliari e prodotti di investimento di livello elevato. Infine, il 9 marzo 2000 acquisì dalla Fondazione Cassa di Risparmio di Cuneo e dalla Fondazione Banca del Monte di Lombardia una partecipazione di controllo, pari al 52,53%, della Banca Regionale Europea (BRE), in parte direttamente e in parte per il tramite del Banco di Brescia; a distanza di due mesi la quota di controllo nella Banca piemontese fu aumentata al 60%. Tuttavia, nell'ambito di un disegno strategico tendente a rafforzare i legami con il partner assicurativo Società Cattolica di Assicurazione, il Banco di Brescia successivamente cedette alla compagnia assicurativa la propria partecipazione in BRE, portando dunque la quota di interessenza detenuta da Banca Lombarda al 53%. A seguito di queste operazioni, la Banca nel 2000 modificò la propria denominazione in Banca Lombarda e Piemontese per tener conto della nuova rilevanza assunta dal mercato piemontese nella propria articolazione territoriale.