Il Banco di San Giorgio venne costituito come società cooperativa a responsabilità limitata il 31 ottobre 1987 (rogito notaio Giorgio Segalerba) con la denominazione di Banca Popolare di Genova e San Giorgio. Fu promosso da un gruppo di rappresentanti di spicco dell'imprenditoria ligure costituitesi in un "Comitato dei promotori", con l'obiettivo di contribuire al rilancio economico e allo sviluppo produttivo e sociale di Genova e della Liguria. Il capitale iniziale di lire 8.288.500.000 fu sottoscritto da 669 soci e venne autorizzato all'esercizio del credito il 21 aprile 1988 e alle operazioni valutarie e in cambi il 3 febbraio 1989. Al 31 marzo 1989 il capitale sociale era più che raddoppiato e i sottoscrittori aumentarono a 5.052 soci. Nel 1991 la Banca registrò un risultato operativo negativo dovuto agli elevati costi di struttura e a consistenti perdite su crediti erogati dal 1989. Per far fronte a queste difficoltà e rafforzare l'Istituto in vista delle sfide derivanti dalla creazione del mercato unico europeo, si ricorse ad un aumento di capitale straordinario riservando la sottoscrizione delle azioni di nuova emissione al Credito Agrario Bresciano (CAB); contestualmente la Banca fu trasformata in società per azioni e assunse la denominazione di Banca di Genova e San Giorgio (Assemblea straordinaria, 9 giugno 1992). L'aggregazione al CAB, che venne ad assumere una partecipazione di minoranza pari al 47,78%, consentì alla Banca di introdurre modifiche nella struttura organizzativa, ampliare i prodotti e i servizi bancari, anche in forma sinergica, e dal 1994 invertire la tendenza negativa nella propria operatività. Con la nascita di  Banca Lombarda  - in seguito all'aggregazione del CAB e della Banca San Paolo di Brescia -, l'Istituto fu identificato come «il più efficace veicolo di promozione dell'attività bancaria del Gruppo nell'ambito della regione Liguria»; di qui il conferimento da parte del CAB di sue undici filiali nelle province di Genova, Imperia e Savona (atto 22 dicembre 1998). Nel corso del 2000, avendo la Banca Lombarda acquisito una partecipazione di controllo nella Banca Regionale Europea (BRE), con conseguente variazione della denominazione in Banca Lombarda e Piemontese, l'Istituto entrò a far parte del Gruppo omonimo. Nell'ambito del progetto industriale finalizzato alla razionalizzazione organizzativa e partecipativa del Gruppo, nel giugno 2001 il 51% dell'Istituto fu acquisito dalla BRE, che negli anni successivi aumentò gradualmente la quota di controllo. Nel contempo fu rafforzata la presenza in Liguria sia con l'acquisizione di tre sportelli dalla Cassa di Risparmio di Genova e di uno dalla Cassa di Risparmio di Savona (Consiglio di Amministrazione, 4 aprile 2001) che con la cessione di sei sportelli liguri della BRE (atto, 31 luglio 2001). Al fine di sostenere lo sviluppo dimensionale dell'Istituto fu aumentato il capitale sociale e contestualmente cambiata la denominazione in Banco di San Giorgio (Assemblea straordinaria, 26-27 luglio 2001). Negli anni successivi, venne perseguita la differenziazione dell'offerta dei servizi e prodotti segmentandola tra clientela retail e corporate, mentre la rete commerciale venne consolidata con l'apertura di nuove filiali soprattutto in Liguria. Nell'aprile 2007, con la fusione della Banca Lombarda e Piemontese nella  Banche Popolari Unite a formare l' Unione di Banche Italiane (UBI Banca), il Banco di San Giorgio divenne parte del Gruppo omonimo. Con l'approvazione del piano industriale della Capogruppo per il triennio 2007-2010, il Banco di San Giorgio adottò un nuovo modello organizzativo e di business. Inoltre, nell'ambito del «progetto di ottimizzazione territoriale» della rete distributiva del Gruppo, alla fine del 2008 furono aggregate alla sua rete commerciale le tredici filiali di Intesa Sanpaolo nella provincia di La Spezia acquisite da UBI Banca e il 15 gennaio 2010 le venne conferito uno sportello del Banco di Brescia San Paolo CAB. Il 15 ottobre 2012 il Banco di San Giorgio venne fuso per incorporazione nella BRE, che a quella data controllava più del 90% dell'Istituto.