Con la crisi del 1929 il già fragile sistema creditizio meridionale rischiò di andare in frantumi. In quegli anni l'unico istituto bancario del sud in grado di "risanare e coordinare l'attività di Istituti di piccoli crediti nel Mezzogiorno" era il Banco di Napoli, che così provvedette alla creazione di un istituto autonomo con il compito di riorganizzare il sistema bancario meridionale attraverso il salvataggio o l'assorbimento delle banche in difficoltà, restituendo così il necessario sostegno economico alle aziende agricole e commerciali del sud.
La Banca Agricola Commerciale del Mezzogiorno, società anonima, venne costituita il 17 luglio 1929 con un capitale sociale di 50 milioni di lire interamente sottoscritto dal Banco di Napoli. Presidente del Consiglio di Amministrazione fu nominato il senatore Ferdinando Nunziante di San Ferdinando.
A pochi mesi dalla sua costituzione l'Agricom ottenne le autorizzazioni preventive all'assorbimento della Banca Popolare Cooperativa di Alfedena, della Banca Mutua Popolare di Caiazzo, del Credito Meridionale e, nel 1930, della Banca Popolare di Napoli.
Concluse queste operazioni, venne avanzata la richiesta per l'apertura di un centinaio di filiali Agricom, che avrebbero operato nelle zone di competenza degli istituti assorbiti. Inoltre, nel 1931, il Ministero delle Finanze impose al Banco di Napoli di farsi carico di 175 sportelli della Banca Agricola Italiana di Riccardo Gualino, che versava in condizioni critiche a causa di un eccesso di immobilizzi a favore delle aziende dell'imprenditore biellese: il Banco di Napoli decise così di chiudere 63 sportelli della BAI, di tenerne per sé 14 e di cederne all'Agricom 98. Con questa acquisizione la Banca Agricola Commerciale del Mezzogiorno incrementò del 41% il numero delle proprie filiali. L'espansione territoriale dell'Istituto continuò poi con l'assorbimento, e la conseguente acquisizione degli sportelli, del Banco Abruzzese e del Credito Calabrese.
L'opera di risanamento e di razionalizzazione del sistema bancario meridionale tramite l'Agricom fu per il Banco di Napoli decisamente dispendiosa. Nel 1933 le perdite dell'Agricom ammontavano ad oltre 10,5 milioni di lire, cui il Banco dovette far fronte con un contributo di 8 milioni; peggiori furono i risultati del 1934, con una perdita di oltre 13 milioni di lire, che l'Istituto napoletano sostenne con un versamento di 11,8 milioni, lasciando all'Agricom l'obbligo di integrare la perdita utilizzando gli avanzi degli anni precedenti. Il Banco di Napoli decise così l'incorporazione dell'Istituto, avvenuta il 1° agosto 1936 sulla base delle rispettive situazioni patrimoniali al 30 aprile precedente. Dei 374 sportelli Agricom il Banco dovette chiuderne 165 perché coesistenti, sulla stessa piazza, con proprie filiali; per i restanti 209 si procedette alla sostituzione con sportelli del Banco, operazione che si rivelò piuttosto costosa.