La Banca Popolare dell'Agricoltura fu costituita il 12 aprile 1959, come società cooperativa a responsabilità limitata e con sede sociale a Raffadali, in provincia di Agrigento. Nel corso dello stesso anno ottenne dall'Ufficio regionale per il credito ed il risparmio l'autorizzazione all'apertura delle prime dipendenze a Calamonaci, Joppolo Giancaxio, Montallegro, Realmonte, in provincia di Agrigento, e a Castelvetrano, in provincia di Trapani. A norma di statuto, tra le varie operazioni consentite, la Banca poteva: concedere anticipazioni e sovvenzioni su pegno di valori, di merci e di titoli; effettuare operazioni di credito agrario e peschereccio, a favore soprattutto di cooperative; esercitare il credito artigiano e compiere operazioni di credito speciale, sia in proprio che per delega di altri istituti di credito; concedere prestiti a comuni, province, corpi morali, consorzi agrari provinciali, enti di bonifica e di irrigazione; acquisire e vendere titoli di Stato o garantiti dallo Stato, azioni e obbligazioni di società finanziarie, industriali, agricole e commerciali; assumere la gestione di magazzini commerciali e servizi di esattoria. Nel 1964 la sede sociale della Banca fu trasferita da Raffadali a Castrofilippo, "centro geografico più rispondente alle esigenze amministrative e funzionali dell'azienda" e successivamente, nel 1977, a Canicattì, per concentrare in un'unica sede gli uffici degli organi amministrativi con quelli del centro contabile. Nel 1982 fu avanzata l'idea di una fusione, poi non avvenuta, con la Banca del Sud di Messina. Quattro anni più tardi, invece, fu l' Istituto Bancario San Paolo di Torino, intenzionato ad estendere la propria operatività in Sicilia, ad assorbire la Banca, presente in sette delle nove province dell'isola. Al momento dell'incorporazione la Popolare dell'Agricoltura era dotata di 22 sportelli.