On Banca venne costituita il 27 maggio 1998 con un capitale iniziale di 40 miliardi, sottoscritto per il 95% dalla Banca Popolare Commercio e Industria e per il restante 5% dalla Banca Popolare di Luino e di Varese. Sorta con lo scopo principale di operare come banca virtuale del Gruppo Banca Popolare Commercio e Industria, iniziò le proprie attività nel 1999 e successivamente si concentrò sull'attività commerciale. Era dotata anche di uno sportello bancario presso la sede sociale ed amministrativa a Milano (in via Monte Santo, n. 2). Nel corso del 2000, il 32,5% di On Banca fu ceduto ad AXA, al Gruppo Lombardini, al Gruppo Consors e altri soci minori. Dal 2001 fu intrapreso un processo di riorganizzazione e di ridimensionamento di tutta l'attività in risposta alle mutate prospettive della finanza virtuale. Il 15 luglio 2002 fu stipulato dalla BPCI un accordo con UniCredito Italiano per la cessione dell'Istituto: la fusione, approvata dal Consiglio di Amministrazione della BPCI il 9 ottobre 2002, ebbe effetto dal 31 dicembre dello stesso anno.