La Banca Popolare di Luino e di Varese fu costituita il 7 febbraio 1885 (rogito Giovanni Ferrini) a Luino (fino al 1889, Luvino), con la denominazione di Banca Popolare di Luvino. Fu promossa da un gruppo di imprenditori locali e svizzeri, che già nel 1881 avevano sollecitato l'apertura di una filiale della Banca Svizzera Italiana in città. Come si legge nella convocazione del Comitato promotore si intendeva creare una banca che «potesse soddisfare ai bisogni commerciali del Borgo di Luino e vicinanze, nonché ai bisogni industriali» (11 gennaio 1885); risalivano infatti ai primi dell'Ottocento alcuni impianti industriali nel settore del tessile e del metallurgico. Alla prima filiale aperta nel comune transfrontaliero di Cannobio nel 1912, seguì l'insediamento in diversi comuni del varesotto nella prima metà degli anni Venti e nel 1941 a Varese. Nel 1939 la Banca concorse con altre cinque consorelle alla costituzione dell'Istituto Centrale delle Banche Popolari Italiane. Nel secondo dopoguerra partecipò alla creazione di Centrobanca e collaborò alla fondazione di numerose popolari. Esplicò credito agrario, prima solo per alcune province settentrionali e poi per l'intero territorio nazionale, e servizi di esattoria e tesoreria per comuni, enti morali e consorzi. Fu anche autorizzata a svolgere funzioni di banca agente per operazioni di commercio estero. Nel 1955 la denominazione fu mutata in Banca Popolare di Luino e di Varese. L'espansione territoriale riprese nel 1958 nella provincia di Varese e con l'apertura di una filiale a Milano nel 1960; proseguì nei due decenni successivi con il consolidamento della presenza sulla direttrice Varese-Milano e il trasferimento della direzione generale da Luino a Varese. Nel 1996, sotto la presidenza di Giovanni Valcavi, a seguito di un'offerta di pubblico acquisto lanciata dalla Banca Popolare Commercio e Industria - BPCI, l'Istituto fu trasformato in società per azioni ed entrò a far parte del Gruppo Bancario Banca Popolare Commercio e Industria (protocollo di intesa, 13 dicembre 1995). La quota di controllo inizialmente acquisita dalla BPCI aumentò nel corso degli anni raggiungendo quota 80% nel settembre 2000. Nel maggio 1999 partecipò all'iniziativa della BPCI di costituzione della banca virtuale ON Banca, sottoscrivendo il 5% del capitale. Inoltre, nel luglio dello stesso anno intraprese un piano di sviluppo territoriale, coordinato a livello di Gruppo bancario, che prevedeva l'apertura di quindici dipendenze nel triennio 1999-2001, con il duplice obiettivo di rafforzare la presenza nel territorio di appartenenza storica e di espandersi in aree immediatamente adiacenti. Il 13 dicembre 2002 il Consiglio di Amministrazione deliberò la sottoscrizione dell'accordo quadro per la fusione con la BPCI e la Banca Popolare di Bergamo-Credito Varesino. La fusione per unione, firmata il 24 giugno 2003, diede origine alla Banche Popolari Unite (operante come BPU Banca), società cooperativa responsabilità limitata a capo del Gruppo bancario avente la medesima denominazione. Al momento dell'entrata nel nuovo Gruppo, la rete commerciale della Banca Popolare di Luino e Varese era formata da 59 sportelli e 8 unità di private banking, con una presenza prevalente in Lombardia (province di Varese, Milano, Como e Lecco) e, in misura minore, in Piemonte (Biella, Novara, Verbano-Cusio-Ossola e Vercelli).