Il Banco San Sebastiano venne costituito come società anonima il 28 febbraio 1926, con atto rogato dal notaio Lorenzo Filippi. Nel 1930 l'Istituto, per interessamento dell'autorità ecclesiastica diocesana, divenne una partecipazione del Banco San Siro, dalla cui fusione nel Banco Sant'Alessandro nascerà la Banca Provinciale Lombarda. Nel corso del tempo l'attività del Banco San Sebastiano, "per quanto assai importante dal lato esattoriale, rimane invece assai limitata nel campo specifico dei fidi, cosicché in definitiva nonostante che sia localmente sentita la necessità di maggiori appoggi creditizi, esso Banco mantiene una media di somme disponibili, nella misura di circa il 50% dei suoi depositi, costantemente depositata presso la Banca Provinciale Lombarda". Così, al fine di ridurre le spese di gestione di una banca separata e per venire incontro alle esigenze dell'industria locale, a cui il Banco non poteva provvedere "per la limitatezza dei suoi servizi", durante l'Assemblea generale del 18 marzo 1937 venne deliberata la fusione per incorporazione nella Banca Provinciale Lombarda. Con questa operazione l'Istituto bergamasco acquisì una nuova filiale a Sabbioneta ma, per volere del Governatore della Banca d'Italia, dovette procedere alla chiusura della propria filiale di Commessaggio, sempre in provincia di Mantova. Al momento dell'incorporazione il Banco San Sebastiano aveva un capitale di 300.000 lire e depositi e conti correnti per poco più di un milione.