La Banche Popolari Unite (operante come BPU Banca) venne costituita il 24 giugno 2003 dalla fusione per unione perfezionata tra la Banca Popolare di Bergamo-Credito Varesino (BPB-CV), la Banca Popolare Commercio e Industria (BPCI) e la controllata di quest'ultima, la Banca Popolare di Luino e di Varese (BPLV). Preliminare all'operazione e per l'efficacia della stessa, al fine di preservare e valorizzare la presenza sul territorio dei relativi marchi, i tre Istituti scorporarono le rispettive aziende bancarie, costituite dalla rete degli sportelli, a favore di due nuove banche, costituite in forma giuridica di società per azioni e interamente possedute dalle stesse: la Banca Popolare di Bergamo SpA (BPB SpA) e la Banca Popolare Commercio e Industria SpA (BPCI SpA) (nella quale confluì anche l'azienda bancaria scorporata dalla BPLV). Il Consiglio di Amministrazione della BPU Banca era composto di 21 membri (13 di derivazione BPB-CV, di cui 5 comunque graditi a BPCI; 8 di derivazione BPCI): presidente Emilio Zanetti (di provenienza BPB-CV) e vicepresidente vicario Giuseppe Vigorelli (BPCI); amministratore delegato venne nominato Giampiero Auletta Armenise (BPCI), mentre alla Direzione generale venne posto Alfredo Gusmini (BPB-CV). La Società, nella sua qualità di capogruppo del Gruppo Banche Popolari Unite (in forma abbreviata anche Gruppo BPU Banca), mantenne l'originaria matrice cooperativistica delle banche costituenti. Inoltre, al fine rafforzare i legami tra le queste ultime e la BPU Banca, sin dalla sua costituzione il Gruppo adottò un modello caratterizzato come: 1. federativo, con le banche rete (BPB-CV, BPCI, Banca Popolare di Ancona e Banca Carime) a presidio dell'operatività locale; 2. integrato, con l'accentramento in BPU Banca di tutte le principali funzioni comuni di supporto e di servizio, nonché di monitoraggio dei rischi; 3. polifunzionale, per la presenza di una serie di società prodotto operanti nel settore del risparmio gestito, bancassurance, corporate banking, credito al consumo e leasing. Il 1° luglio 2003 il titolo di BPU Banca fu quotato alla Borsa Valori di Milano. Il Gruppo BPU Banca realizzò nel tempo importanti operazioni societarie ed organizzative per rafforzare il processo integrazione delle proprie banche. Innanzitutto, fu predisposto un sistema avanzato di gestione dei portafogli clienti e un'infrastruttura tecnologica a supporto di tutte le banche reti del Gruppo. Nella seconda metà del 2005 venne risolto il contenzioso con la Banca Popolare di Ancona, con un'offerta di pubblico acquisto sul capitale residuo dell'Istituto anconetano e la cessione della partecipazione nella Cassa di Risparmio di Fano a Casse del Centro SpA (società di Banca Intesa); nel dicembre 2006 inoltre la Banca Popolare di Todi venne fusa per incorporazione nella Banca Popolare di Ancona. Fu inoltre attuato un piano di riposizionamento di Centrobanca nel Gruppo, finalizzato a rafforzare il suo ruolo di banca corporate, mentre a B@nca 24-7 si affidò la gestione dell'emissione di carte di credito per l'intero Gruppo. Furono altresì rafforzate le società prodotto dedicate all'asset management e a bancassurance, con l'estensione degli accordi di partnership a livello di Gruppo. Infine fu intrapresa una progressiva razionalizzazione del portafoglio partecipativo (es. Banca Italease, SI Holding, Meliorbanca e partecipazioni nel settore private equity). Il Consiglio di Amministrazione di BPU Banca del 13 novembre 2006 approvò il protocollo d'intesa relativo al progetto di fusione per incorporazione della Banca Lombarda e Piemontese finalizzato alla creazione di un nuovo gruppo bancario. L'Assemblea straordinaria del 3 marzo 2007 approvò il progetto e l'adozione della nuova denominazione Unione di Banche Italiane in acronimo UBI Banca. L'operazione fu perfezionata con atto del 28 marzo 2007, avente efficacia dal 1° aprile.