Banca Apulia si costituisce il 24 marzo 1924 a Torremaggiore con il nome di Banco di Torremaggiore, cambia successivamente nome in Banco di Torremaggiore e della Daunia SpA, poi in Banco di Torremaggiore e San Severo SpA. In questi anni si pongono le basi per la crescita regionale dell'Istituto che nel 1985 assume il nome di Banca della Capitanata SpA. Nel 1996 acquisisce la Banca Agricola Salentina, crescendo così dimensionalmente e cambiando nuovamente denominazione in Banca Apulia SpA, con sede legale a San Severo.
La Banca dal 1966 al 1998 viene presieduta da Felice Chirò, sotto la cui guida l'Istituto cresce dimensionalmente, passando da 2 a 32 sportelli, contando 164.000 clienti e oltre 220 dipendenti.
Nel 2002 il Gruppo Veneto Banca acquisice alcuni sportelli dell'ex Banca Mediterranea dando vita a Banca Meridiana che, proponendo un modello di banca al servizio del territorio di riferimento, riesce in breve tempo a imporsi come uno dei punti di riferimento per le famiglie e le imprese di Puglia e Basilicata. Nel 2010, proseguendo sulla strada della creazione anche al Sud di una forte rete di sportelli radicati sul territorio che possano contare sull'esperienza e sui valori propri del Gruppo, Veneto Banca porta a termine l'acquisizione di Banca Apulia - istituto sempre controllato dalla Famiglia Chirò e caratterizzato da una lunga tradizione e presenza nel territorio pugliese - nella quale incorpora Banca Meridiana. Da questa operazione, che raccoglie l'eredità dei due istituti di credito, prende vita  BancApulia - Gruppo Veneto Banca che costituisce la principale realtà bancaria di Puglia e Basilicata, con sede legale a San Severo (Foggia) e sede direzionale a Palazzo Barone Ferrara, nel centralissimo corso Vittorio Emanuele II a Bari.
Del Gruppo BancApulia fanno parte Apulia Pronto Prestito e Apulia Previdenza.
A seguito del decreto governativo del 25 giugno 2017, BancApulia segue il destino di Veneto Banca, entrando a far parte del Gruppo Intesa Sanpaolo, in cui il 27 maggio 2019 viene definitivamente incorporata.