Banca Nuova SpA viene costituita a Palermo dalla Banca Popolare di Vicenza. Nell'ottobre 2000 viene aperta la prima filiale, a cui ne seguirono altre otto in rapida successione nei maggiori centri della Sicilia, con una operatività fortemente rivolta al private e al corporate. Con l'acquisizione di venti sportelli dal Gruppo Intesa (diciannove in Calabria e uno in Lazio), Banca Nuova si sviluppa velocemente  arrivando nel 2001 a contare già trenta filiali. Nel luglio 2002 Banca Nuova viene fusa nella Banca del Popolo, istituto storico con sede a Trapani, profondamente radicato sul territorio nelle provincie di Trapani, Palermo e Agrigento. In seguito a questa fusione, il nuovo Istituto che viene rinominato Banca Nuova SpA, si trova ad avere una rete di sessantanove sportelli. Il primo gennaio 2005 ne vengono acquisiti trenta da Banca Antonveneta e successivamente aperte cinque filiali a Roma.
Nel 2016 Banca Nuova e la sua controllante soffrono di carenze di capitale e nel biennio 2016-2017 è coinvolta nello scandalo finanziario della Banca Popolare di Vicenza. A giugno 2017 è stata acquistata da Intesa Sanpaolo, in cui verrà fusa per incorporazione  il 7 aprile 2018.